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LAMMPS后处理以及编程技巧

LAMMPS后处理以及编程技巧

♡ \\heartsuit ♡ ♠ \\spadesuit ♠《LAMMPS后处理以及编程技巧》 ♡ \\heartsuit ♡ ♠ \\spadesuit ♠：

  为什么要后处理？ ‾ \\color{red}{\\textbf{ \\underline{为什么要后处理？}}}  为什么要后处理？​ 在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计，   但是可以直接输出的信息非常有限 ‾ \\textbf{ \\underline{但是可以直接输出的信息非常有限}}  但是可以直接输出的信息非常有限​，通常需要进行大量的后处理编程统计我们关心的物理量（比如：指定区域的气液界面分子数、晶体生长的晶核大小、纳米气泡的大小，等等）。   因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一 ‾ \\textbf{ \\underline{因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一}}  因此，后处理是动力学模拟过程中必不可少的重要环节之一​。

关注 M r . m a t e r i a l   , \\color{Violet} \\rm Mr.material\\ , Mr.material , 更 \\color{red}{更} 更 多 \\color{blue}{多} 多 精 \\color{orange}{精} 精 彩 \\color{green}{彩} 彩！

主要专栏内容包括：   †《LAMMPS小技巧》： ‾ \\textbf{ \\underline{\\dag《LAMMPS小技巧》：}}  †《LAMMPS小技巧》：​ 主要介绍采用分子动力学（ L a m m p s Lammps Lammps）模拟相关安装教程、原理以及模拟小技巧（难度： ★ \\bigstar ★）   ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》： ‾ \\textbf{ \\underline{\\dag\\dag《LAMMPS实例教程—In文件详解》：}}  ††《LAMMPS实例教程—In文件详解》：​ 主要介绍采用分子动力学（ L a m m p s Lammps Lammps）模拟相关物理过程模拟。（包含：热导率计算、定压比热容计算，难度： ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★）   †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》： ‾ \\textbf{ \\underline{\\dag\\dag\\dag《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：}}  †††《Lammps编程技巧及后处理程序技巧》：​ 主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力。难度： ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★）。   ††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》： ‾ \\textbf{ \\underline{\\dag\\dag\\dag\\dag《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：}}  ††††《分子动力学后处理集成函数—Matlab》：​ 主要介绍针对后处理过程中指定函数，进行包装，方便使用者直接调用（需要一定编程能力，难度： ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★）。   †††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》： ‾ \\textbf{ \\underline{\\dag\\dag\\dag\\dag\\dag《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：}}  †††††《SCI论文绘图—Python绘图常用模板及技巧》：​ 主要介绍针对处理后的数据可视化，并提供对应的绘图模板（需要一定编程能力，难度： ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★）。   ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》： ‾ \\textbf{ \\underline{\\dag\\dag\\dag\\dag\\dag\\dag《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：}}  ††††††《分子模拟—Ovito渲染案例教程》：​ 主要采用 O v i t o \\rm Ovito Ovito软件，对 L a m m p s \\rm Lammps Lammps 生成的轨迹文件进行渲染（难度： ★ \\bigstar ★ ★ \\bigstar ★）。

  专栏说明（订阅后可浏览对应专栏全部博文）： ‾ \\color{red}{\\textbf{ \\underline{专栏说明（订阅后可浏览对应专栏全部博文）：}}}  专栏说明（订阅后可浏览对应专栏全部博文）：​ 注意： \\color{red} 注意： 注意：如需只订阅某个单独博文，请联系博主邮箱咨询。 l a m m p s _ m a t e r i a l s @ 163. c o m \\rm lammps\\_materials@163 lammps_materials@163 ♠ \\spadesuit ♠ † \\dag † 开源后处理集成程序：请关注专栏《LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理》 ♠ \\spadesuit ♠ † \\dag † † \\dag † 需要付费定制后处理程序请邮件联系： l a m m p s _ m a t e r i a l s @ 163. c o m \\rm lammps\\_materials@163 lammps_materials@163

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LAMMPS后处理以及编程技巧
  • ♡ \\heartsuit ♡ ♠ \\spadesuit ♠《LAMMPS后处理以及编程技巧》 ♡ \\heartsuit ♡ ♠ \\spadesuit ♠：
  • 案例教学： I n 文件 − 后处理 − P y t h o n 绘图 \\rm 案例教学：In文件-后处理-Python绘图 案例教学：In文件−后处理−Python绘图
      • 1、液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图
  • 后处理分析 − 具体内容： 后处理分析-具体内容： 后处理分析−具体内容：
      • 1、可循环调节粗糙表面（高、宽）模型构建
      • 2、MATLAB 计算二维云图-接触角
      • 3、识别固液界面接触原子程序
      • 4、分子模板构建溶液中随机分布的纳米颗粒
      • 5 、通过分子模板构建不同形状的纳米颗粒
      • 6、MATLAB 计算液滴弹跳速度矢量分布
      • 7、Lammps空间划分——识别三维裂隙、气泡
      • 8、LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均
      • 9、LAMMPS识别纳米液滴轮廓-全部轨迹统计平均
      • 10、分子动力学-多孔结构（原子模型）如何计算孔径分布
      • 11、键序参数—结冰成核识别、融化识别
      • 12、Lammps表面生成之“行走的晶格”—构造任意晶格不规则表面
      • 13、MATLAB如何识别吸附—不同时间内的吸附量识别
      • 14、MATLAB 处理多层吸附问题—分区识别
      • 15、液滴自驱动的固液界面判断—MATLAB识别
      • 16、Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析
      • 17、纳米压痕接触面积—Matlab接触面积计算（两种方法)
      • 18、不同三角函数下的弯曲石墨烯Matlab生成
      • 19、根据现有结构切割任意函数表面—MATLAB的data定制
      • 20、根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）
      • 21、Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹
      • 22、Matlab实现反应力场物产统计
      • 23、Matlab计算随模拟时间变化的热导率
      • 24、Matlab制作含随机缺陷个数、随机缺陷直径的纳米颗粒（任何输入Data）
      • 25、两相界面识别方法
  • 编程技巧篇 : 编程技巧篇: 编程技巧篇:
      • 1、Lammps如何大规模循环计算?一个脚本循环不同工况
      • 2、Matlab循环处理dump文件、自动写出、并关机
      • 3、Matlab定制data文件
      • 4、如何根据lattice准确create原子数，定制data文件
      • 5、LAMMPS 中 molecule command 的分子模板
      • 6、LAMMPS轨迹文件读取脚本
        • 1. c++脚本读取轨迹
        • 2. Python 脚本读取轨迹
        • 3. MATLAB脚本读取轨迹
  • L a m m p s  体系轨迹分析系列： \\rm Lammps\\ 体系轨迹分析系列 ： Lammps 体系轨迹分析系列：
      • 1、温度分析—LAMMPS V.S MATALB
      • 2、数密度分析（300K下Ar）—LAMMPS V.S MATALB
      • 3、均方位移 MSD—LAMMPS V.S MATALB
      • 4、速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB
      • 5、Lammps-如何采用MATLAB计算径向分布函数（RDF）
  • 实验数据分析 − M a t l a b 后处理： \\rm 实验数据分析-Matlab后处理： 实验数据分析−Matlab后处理：
      • 1、批量处理实验接触角数据-MATLAB分析
      • 2、实验电镜距离测量之Matlab处理
      • 3、Matlab根据实验照片制作视频

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案例教学： I n 文件 − 后处理 − P y t h o n 绘图 \\rm 案例教学：In文件-后处理-Python绘图 案例教学：In文件−后处理−Python绘图 1、液滴/液膜蒸发过程—in文件模拟-后处理分析-Ovito/Python绘图

博客: blog.csdn/qq_43689832/article/details/130024616

后处理分析 − 具体内容： 后处理分析-具体内容： 后处理分析−具体内容：

提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过 M A T L A B 进行分析。 \\rm \\color{red}提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过MATLAB进行分析。 提示：博文以具体案例和科学问题为背景，通过MATLAB进行分析。 注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。 \\color{red}注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。 注意：在使用博文中代码时，需要根据自己的实际程序进行修改。

1、可循环调节粗糙表面（高、宽）模型构建

博客: blog.csdn/qq_43689832/article/details/108876629

2、MATLAB 计算二维云图-接触角

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/109187496

3、识别固液界面接触原子程序

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/112970511

4、分子模板构建溶液中随机分布的纳米颗粒

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/112055266

5 、通过分子模板构建不同形状的纳米颗粒

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/113442510

6、MATLAB 计算液滴弹跳速度矢量分布

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/110313460

7、Lammps空间划分——识别三维裂隙、气泡

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/114106996

8、LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/114413386

9、LAMMPS识别纳米液滴轮廓-全部轨迹统计平均

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/115043131

10、分子动力学-多孔结构（原子模型）如何计算孔径分布

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/119083348

11、键序参数—结冰成核识别、融化识别

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/119702983

12、Lammps表面生成之“行走的晶格”—构造任意晶格不规则表面

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/120201965

13、MATLAB如何识别吸附—不同时间内的吸附量识别

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/121422973

14、MATLAB 处理多层吸附问题—分区识别

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/121725359

15、液滴自驱动的固液界面判断—MATLAB识别

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/122063457

16、Lammps的团簇（cluster）之Kmean识别—Matlab分析

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/122227301

17、纳米压痕接触面积—Matlab接触面积计算（两种方法)

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/122512007

18、不同三角函数下的弯曲石墨烯Matlab生成

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/123039911

19、根据现有结构切割任意函数表面—MATLAB的data定制

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/123511869

20、根据近邻列表法识别团簇—冷凝成核 Matlab+Ovito（上）

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/123672240

21、Matlab实现溶液中球颗粒附近原子识别及颗粒质心运动轨迹

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/124789579

22、Matlab实现反应力场物产统计

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/125729758

23、Matlab计算随模拟时间变化的热导率

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/126134536

24、Matlab制作含随机缺陷个数、随机缺陷直径的纳米颗粒（任何输入Data）

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/126937309

25、两相界面识别方法

博客：mp.csdn/mp_blog/creation/success/127795980

编程技巧篇 : 编程技巧篇: 编程技巧篇:
1、Lammps如何大规模循环计算?一个脚本循环不同工况

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/108997925?spm=1001.2014.3001.5501

LAMMPS如何抢占资源，循环计算？

在计算资源有限的情况下，常常因为一个任务结束而排不上队。那么在计算lammps过程中如何通过脚本循环计算不同的in文件呢？ 比如我要计算不同工况下，如温度不同。观察一物理量的变化： 假设有100,200,300,400,500,600,700,800. 8个温度变化，我想写入不同的文件夹。 具体实现的功能： 1、分别创建文件夹。 2、并将需要的data文件和势能函数文件复制进不同的文件夹里。 3、计算-并在不同的文件夹写出结果。**

2、Matlab循环处理dump文件、自动写出、并关机

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/108813764?spm=1001.2014.3001.5501

长时间，多次循环dump，自动写出、关机 循环5个文件夹 -> 每个文件夹6个文件 -> 分别计算每一个文件数据分析 -> 创建新的文件夹 -> 并写出结果excel -> 报道计算时间-> 关机！

3、Matlab定制data文件

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/113812350

通常生成的data文件，比如从MS获得或者其他方式。data的键、角度、二面角等，有时不正确，或者我们自己要增加一些东西。采用Matlab首先读取data文件，其次根据需求改写并写出。

4、如何根据lattice准确create原子数，定制data文件

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/115866205

为了使得初始模型更加稳定，如何根据lattice，并设置region，采用create_atom命令准确创建原子（气、液体）的Matlab程序，定制data文件

5、LAMMPS 中 molecule command 的分子模板

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/104443175

6、LAMMPS轨迹文件读取脚本

采用 M A T L A B 、 P y t h o n 以及 C + + 读取 L A M M P S 轨迹 \\rm 采用MATLAB、Python 以及 C++ 读取LAMMPS轨迹 采用MATLAB、Python以及C++读取LAMMPS轨迹

1. c++脚本读取轨迹

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/104686674

2. Python 脚本读取轨迹

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/113812304

3. MATLAB脚本读取轨迹

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/108943190

L a m m p s  体系轨迹分析系列： \\rm Lammps\\ 体系轨迹分析系列 ： Lammps 体系轨迹分析系列： 1、温度分析—LAMMPS V.S MATALB

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/115869221

2、数密度分析（300K下Ar）—LAMMPS V.S MATALB

博客：editor.csdn/md/?articleId=117092618

3、均方位移 MSD—LAMMPS V.S MATALB

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/123761337

4、速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/125210905

5、Lammps-如何采用MATLAB计算径向分布函数（RDF）

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/120090693

实验数据分析 − M a t l a b 后处理： \\rm 实验数据分析-Matlab后处理： 实验数据分析−Matlab后处理： 1、批量处理实验接触角数据-MATLAB分析

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/125488134

2、实验电镜距离测量之Matlab处理

博客：rockyyoung.blog.csdn/article/details/125502113

3、Matlab根据实验照片制作视频

博客：blog.csdn/qq_43689832/article/details/127704546

本文标签： 后处理编程技巧LAMMPS

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